一般家庭饮水机使用3—6个月左右就应该进行一次消毒，而公共场所的饮水机使用频率高，消毒周期还应该更短些。另外，长期不消毒的饮水机， 即使换上的是新水，水质当天也会被污染，微生物数量更会急剧增加。
饮水机超过3个月不清洗，所产生的大量细菌和有害物质进入人体后会引起消化、神经、泌尿和造血系统病变！饮水机是日常生活不可或缺的小电器，但是据一项调查显示，人们腹泻，呕吐等很多常见的肠胃病都是由于长期不进行饮水机清洗造成的。普通饮水机在倒入水的同时，会带入大量气泡，这些气泡就会携带一些细菌进入桶装水内。另一方面，饮水机内部长期使用而不清洗，储水胆、水道、出水口就会沉积污垢，也会孳生大量细菌。 因此，饮水机的定期消毒是绝对不能省的。