1、办理个人独资企业分支机构营业执照，首先要有一个个人独资企业存在。
2、《个人独资企业登记管理办法》第二十四条规定， 个人独资企业申请设立分支机构，应当向登记机关提交下列文件：
（1）分支机构设立登记申请书；
（2）登记机关加盖印章的个人独资企业营业执照复印件；
（3）经营场所证明；
（4）国家工商行政管理总局规定提交的其他文件。
分支机构从事法律、行政法规规定须报经有关部门审批的业务的，还应当提交有关部门的批准文件。
个人独资企业投资人委派分支机构负责人的，应当提交投资人委派分支机构负责人的委托书及其身份证明。
委托代理人申请分支机构设立登记的，应当提交投资人的委托书和代理人的身份证明或者资格证明。
先给分公司起个名称；
总公司的营业执照；
总公司的公章；
分公司的负责人的身份证复印件、照片、简历；
地址证明；
然后，去药监局申请分支机构的药品零售许可证；
最后把以上材料都准备好，去工商局办理即可。
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