秦统一六国后的公元前221年，分天下为36郡，赣南属九江郡。
公元前214年，秦发大军50万分五军南下五岭，其中一军驻守庾岭界，设立南壄县，隶属九江郡。这是赣州境内建立政权之始。 公元前206年（汉高祖元年），南壄属楚。
公元前203年（汉高祖四年），改九江郡为淮南国，南壄县隶属之。
前202年（汉高祖五年），汉灭楚，赣州开始被西汉王朝所管辖。
公元前201年（汉高祖六年），置豫章郡，治南昌县，辖18县，其中赣南3县隶之：南壄县（约辖今南康、大余、上犹、崇义、信丰、龙南、定南、全南等地）、赣县（约辖今章贡区、赣县、兴国等地）、雩都县（约辖今于都、宁都、石城、瑞金、会昌、安远、寻乌等地）。其中赣县、雩都县为新增设县。
9~23年（西汉末年），改豫章郡为九江郡，赣南3县隶之。
25年（东汉建武元年），九江郡复名豫章郡，南壄改为南野，赣南3县仍隶之。
200年（建安五年），分豫章郡置庐陵郡，赣南3县隶庐陵郡。 236年（三国吴嘉禾五年），析庐陵郡置南部都尉，隶扬州，治于都。领雩都、赣县、平阳（由赣县分出，即今兴国）、阳都、揭阳（析于都白鹿营地置阳都，析阳都陂阳地置陂阳县，随后改为揭阳）、南安（由南野分出，约辖今南康、信丰、龙南、定南、全南等地）、南野（约辖今大余、上犹、崇义等地）7县。
280年（晋太康元年），改南安为南康，改阳都为宁都，改平阳为平固。
282年（晋太康三年），撤销庐陵南部都尉，置南康郡，郡治雩都，将南野并入南康领6县。
284年（晋太康五年），改揭阳为陂阳。
289年（晋太康十年），赣县移县治于葛姥城（今章贡区虎岗一带）。
291年（元康元年），南康郡改属江州都督府。
349年（永和五年），郡治从雩都迁至赣县（章、贡两水间，今章贡区）。
550年（南朝梁大宝元年），南康郡地大余改属广东东衡州始兴郡。
581年（南朝陈太建十三年），大余改隶广东东衡州安远郡。 589年（隋开皇九年），改南康郡为虔州，隶属于洪州总管府。平固并入赣县、南野并入南康、虔化并入宁都。
593年（隋开皇十三年），陂阳县设石城场，并入宁都。虔州辖赣县、雩都、南康、宁都4县。 627年（唐贞观元年）分全国为十道，虔州隶江南道，辖县沿袭隋制。
682年（永淳元年），析南康东南地复置南安县（约辖今信丰、龙南、定南、全南等地），虔州领5县。
705年（神龙元年），复置大余县，虔州领6县。
742年（天宝元年），南安改名信丰县，并分出原南安地置百丈泉，后改虔南镇。
788年（贞元四年），分出雩都三乡和信丰一里复置安远县，虔州领7县。
904年（天佑元年），从雩都县分出象湖镇置瑞金监。 909年（后梁开平三年），虔州属梁。
910年（开平四年），以虔、韶2州置百胜军。
937年（南唐升元元年），改百胜军为昭信军，虔州属之。
911年（乾化元年），析南康县地置上犹场。
952年（南唐保大十年），改上犹场为上犹县，翌年改瑞金监为瑞金县，虔南场为龙南县，石城场为石城县。至此，虔州领11县：赣县、于都、信丰、南康、大余、虔化、安远、上犹、瑞金、龙南、石城。 975年（宋开宝八年），改昭信军为军州。
976年（大平兴国元年），改军州复为虔州。
982年（大平兴国七年），从赣县分出潋江镇7乡及庐陵泰和部分辖地置兴国县，从于都分出县东南6乡于九州镇置会昌县，虔州辖13县。
990年（淳化元年），以虔州原辖南康、大余、上犹3县另置南安军，治大余。虔州领10县，为赣南分设两个政区之始。
1121年（宣和三年），龙南县改名为虔南。
1153年（绍兴二十三年），校书郎董德元以“虔”字为虎头，虔州号“虎头城”，非佳名，奏请改名，诏改虔州为赣州（取章、贡二水合流之义，且保留虔字的底部“文”，故称为赣），赣州名始此。同时，虔化县改名为宁都，虔南县复名为龙南。 1276年（元至元十三年），改江南西路为江西行中书省，赣州、南安军隶江西行省。
1277年（元至元十四年），赣州、南安军分别改为赣州路总管府、南安路总管府，隶属与领县如旧。
1365年（元至正二十五年），赣州、南安两路改为府。 1385年（洪武十八年），江西分为5道，赣州、南安2府均属岭北道。
1477年（成化十三年），设分巡岭北道于赣州，赣州、南安2府属之。
1494年（弘治七年），置南赣巡抚都察院于赣州，称虔院。
1516年（正德十一年），置巡抚南赣汀韶等处地方提督军务，辖江西的南安、赣州，广东的韶州、南雄州，湖南的郴州和福建的汀州等州府。
1517年（正德十二年），从上犹、南康、大余3县划出部分辖地置崇义县，属南安府，至此，南安府领4县：大余、南康、上犹、崇义。
1557年（嘉靖三十六年），增设分守岭北、岭东、岭南、漳南4道，统于虔院。岭北巡、守两道治赣州，赣州、南安2府隶之。
1569年（隆庆三年），从安远、信丰、龙南3县划出部分辖地置定南县，隶赣州府。
1576年（万历四年），以安远县原辖寻乌等15堡另置长宁县，隶赣州府。至此，赣州府领12县，南安府领4县。 1653年（清顺治十年）至1669年（康熙八年），先后撤销南赣守抚和巡、守两道。
1671年（康熙十年），置分巡赣南道，辖赣州府、南安府。
1731年（雍正九年)，改分巡赣南道为分巡吉南赣道，增辖吉安府。
1754年（乾隆十九年），升宁都县为宁都直隶州，辖瑞金、石城2县，为赣南分设赣州府、南安府、宁都直隶州3个政区之始。同年，改分巡吉南赣道为吉南赣宁兵备道，增辖宁都直隶州。 1912年（民国元年）废府（州）、厅设县，省直接下辖县。
1914年江西设浔阳、豫章、庐陵、赣南4道。赣州属赣南道，道治赣县，辖赣县、于都、信丰、兴国、会昌、安远、长宁（现寻乌县）、龙南、全南、定南、宁都、瑞金、石城、南康、大余、上犹、崇义17县。
1926年，废赣南道，省直接辖县。
1932年江西省省划为13个行政督察区，赣南各县分属第九、十一、十二、十三督察行政区。兴国县归第九行政督察区。第十一行政督察区辖赣县、南康、信丰、上犹、崇义、大余6县，行政督察专署驻赣县。第十二行政督察区辖宁都、广昌、石城、瑞金、于都、会昌6县，行政督察专员公署驻宁都。第十三行政督察区辖龙南、定南、全南、安远、寻乌5县，行政督察专署驻宁都。
1933年，第十一、十三2个行政督察区合并，行政督察专员公署先驻大余，后迁赣县，辖11县。
1935年，江西省改划为8个行政督察区，赣南各县分属江西省第四、八督察行政区。第四行政督察区辖赣县、南康、信丰、大余、上犹、崇义、龙南、定南、全南、安远、寻乌11县，行政督察专员公署驻赣县；第八行政督察区辖宁都、广昌、石城、瑞金、会昌、于都、兴国7县，行政督察专员公署驻宁都。
1949年5月底，中国人民解放军进入南昌，随后成立江西省人民政府，国民党的江西省政府南迁赣县。不久国民党在赣州的统治随着人民解放军攻克整个赣南而宣告结束。
此外，在1929至1934年间，赣南大部分地区成为中国共产党的革命根据地。各地先后成立苏维埃政府，分别隶属江西、湘赣、粤赣、赣南省苏维埃政府，并于1934年11月在瑞金成立了中华苏维埃共和国临时中央政府。 1949年7月，江西省人民政府设立赣州专区行政专员公署。
1949年8月，中国人民解放军攻克赣南各县，后成立赣西南行政公署，辖赣州、宁都、吉安3专区。其中赣州专区领18县（市）：赣州市（8月析赣县赣州镇设赣州市）、赣县、南康、大余、上犹、崇义、信丰、龙南、定南、全南、安远、宁都、于都、兴国、瑞金、会昌、石城、寻乌。
1949年9月中旬，成立宁都专区，分领8县：宁都、于都、兴国、瑞金、会昌、石城、寻乌、广昌（由抚州专区划入）；赣州专区领11县（市）：赣州市、赣县、南康、大余、上犹、崇义、信丰、龙南、定南、全南。赣南分设2个专区。
1949年11月，赣州专区并入赣西南行政公署。
1951年6月，撤销赣西南行政公署，赣南各县仍分属赣州、宁都2专区。
1952年8月，撤销宁都专区，赣南再次合二为一，领18县（市），广昌划归抚州专区。1954年5月，成立赣南行政区，同时撤销赣州专区，广昌划入，领19县（市）。
1964年5月撤销赣南行政区，恢复赣州专区。
1971年1月改称赣州地区。
1983年10月广昌划归抚州地区。
1994年南康、瑞金撤县设市。
1998年12月，国务院批准赣州地区撤地改市，原县级赣州市改为章贡区。1999年7月，地级赣州市正式挂牌成立。
2012年6月，国务院正式出台《国务院关于支持赣南等原中央苏区振兴发展的若干意见》 ，赣南苏区振兴发展上升为国家战略，赣州在全国的战略地位凸显，赣州因此成为中部首个执行西部大开发税收政策的城市。
2013年11月，国务院正式批复了赣州市部分行政区划调整方案，同意撤销县级南康市，设立赣州市南康区，同意将原南康市的潭东镇、潭口镇划归赣州市章贡区管辖。
2014年2月25日，赣州市南康区正式挂牌成立。
2015年10月，国务院发文，正式批复同意赣州高新技术产业园区升级为国家高新技术产业开发区。
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