对于两个分子A和B间的反应，前线轨道理论给出的图像见图2。即分子 A和 B的HOMO中的电子分别流向对方的未占LUMO，从而引起化学键的生成和断裂，发生化学反应。只有分子A（或B）的HOMO与分子B（或A）的LUMO的能量比较接近，对称性也互相匹配时，才容易发生电子流动，图2a为分子A和B相同时的情形，图2b为A和B不相同时以A的HOMO中的电子流向B的LUMO为主的情形。著名的分子轨道对称守恒原理也可借助于前线轨道理论加以阐明。必须指出，前线轨道理论不仅适用于π轨道，也适用于σ轨道，因此它在有机化学、无机化学，以及表面吸附与催化、量子生物学等领域都有应用。
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