深度测序的read指的是高通量中双端测序得到的一条条序列，如测序前将DNA打成小的片段，测序是从这个片段的两端测的，即会产生两条reads。
至于是mapping到基因组还是DNA基因组，这要看你做什么了，一般基因组是指生物个体的全基因组。并不是所有测序都要RNA反转，这其实要看你想做什么分析，如做转录组、表达谱分析就只需RNA样品，而做全基因组重测序当然就要DNA了。
read就是一个个的转录本，mapping到基因组，是到DNA基因组。这样就可以判断哪些基因被转录了？转录的水平如何？ 你做的材料首先要已经被测序才能被mapping到DNA基因组。对于还没有被测序的物种，可以首先拿已经测序的近亲物种作为参考基因组，也可以得到转录本的详细GO信息。希望对你有所帮助！
只的是高通量测序吧，相当于有多少条DNA被读了，被测了得意思。只有把RNA构建成cDNA文库才能测序。
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