A．阳离子的晶体不一定含阴离子，如金属晶体中含金属阳离子和自由电子，而有阴离子的晶体一定有阳离子，故A错误；
C．只含有极性键的分子可能为非极性分子，如甲烷、二氧化碳等为非极性分子，但只含有非极性键的分子一定是非极性分子，故B错误；
C．含离子键的化合物一定为离子化合物，则共价化合物中不能存在离子键，但离子化合物中可能存在共价键，如NaOH，故C错误；
D．分子之间的作用力为分子间作用力，则范德华力属于分子间作用力，但氢键（分子内形成的氢键）不一定属于分子间作用力，故D正确；
故选D．
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