显庆四年（659年），许敬宗指使人向高宗呈奏密章，称监察御史李巢勾结长孙无忌，图谋造反。唐高宗便命许敬宗与侍中辛茂将一同审查。许敬宗奏道：“长孙无忌谋反已露苗头，我担心他知道事情暴露，会采取紧急措施，号召同党，必成大患。希望陛下能果断处理，尽快拘捕。”
长孙无忌画像
唐高宗哭道：“我怎忍心给舅舅判罪，后代史官会怎么看待我？”许敬宗举汉文帝杀舅父薄昭，天下以为明主之例，宽慰高宗，又引“当断不断，反受其乱”的古训，催促其下决心。唐高宗也不与长孙无忌对质，便下诏削去他的官职和封邑，流徙黔州，并让沿途州府发兵护送。长孙无忌的儿子都被罢官除名，流放岭南。
同年七月，唐高宗又让李勣、许敬宗复审长孙无忌谋反案，许敬宗命中书舍人袁公瑜到黔州审讯无忌谋反罪状。袁公瑜一到黔州，便逼令长孙无忌自缢。长孙无忌死后，家产被抄没，近支亲属都被流放岭南为奴婢。
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李治对无忌是否忠实于自己不自信，他对臣子了解不够。倘若李治够自信，他就不会相信许敬
唐高宗李治继位后的头等难题就是自己没有权力，这样的皇帝当的很是郁闷，几乎所有事情都是由长孙无忌操办的，甚至自己想立皇后都要经过舅舅的同意。这样懦弱的皇帝，谁当着都会郁闷。李治虽然懦弱，但是他也是要自尊心的，他不想自己的成就全部被父亲李世民和他的托孤大臣的光环所掩盖， 李治迫切需要的，就是削弱舅舅的权力，让自己做一个真正的皇帝。
长孙无忌是李世民托给李治的支持者，又是李治母亲长孙皇后的哥哥，这样的双重身份，让李治很为难，这个亲舅舅也不可能完全依赖和信任，更不能为自己所用。唐高宗李治需要提拔一些庶族为自己所用。
唐高宗想立武则天为后，长孙无忌和那些大臣死活不同意，唐高宗当然生气了，自己想立个皇后都有人管，就非立不可。武则天册封那天，长孙无忌和那些大臣没有去喝喜酒。唐高宗看在眼里，敢不给皇帝面子，总有一天找你们算账。
首先是贬褚遂良、韩媛、来济，凡是不听李治的全部被免职。然后就剩长孙无忌一人了，没有人帮他，他的力量自然弱了，唐高宗也终于领略到了皇权的所向披靡。而长孙无忌也真正见识到了自己外甥的真实想法。
在古代的朝廷当中，任何一个皇帝可以为了自己的权力做出很多事情，包括杀害自己的亲人。更何况是起初没有实权的唐高宗李治呢，所以长孙无忌会被李治所杀也是意料之中的事情。
唐史以前看过现在忘了，记得长孙无忌是唐高宗的叔父一类的，一般皇帝对这种人物，下重手，无非就是 谋反，功高震主，或者小时候管过自己并且太严厉。另外一种就是被人陷害了。这里面谋反应该没有，主要应该就是小时候不喜欢，长大了正好找事端干掉。详情可以度娘。
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