铁和锰既是植物的必需营养元素，也是动物和人体的必需营养元素，因此农产品中铁和锰的含量即为质量指标。锰肥对农产品质量的正效应还表现在提高农产品的维生素（如类胡萝卜素和维生素C等）含量，增加芦笋中的皂甙含量。铜肥对农产品质量的正效应是提高小麦子粒的淀粉含量及饱满程度。
锌是植物、动物和人体正常生长发育所必需的微量营养元素，被誉为“生命的火花”，农产品的含锌量已被列入重要的质量指标。锌肥对农产品质量的正效应主要表现在提高蛋白质含量和淀粉含量等，在茶树上表现为芽和新叶儿茶酸含量的增高。硼在植物体内碳水化合物转运和转化中起重要作用，硼肥对农产品质量的正效应主要表现在提高油菜子粒的含油量、甜菜块根和甘蔗的含糖量、甘薯、马铃薯及大麦子粒的淀粉含量、棉花的衣分与纤维质量、柑橘果实和葡萄果穗的感官品质等。钼在豆科植物－根瘤菌共生固氮作用和植物体内硝酸盐还原作用过程中起重要作用，钼肥对农产品质量的正效应主要表现在提高氨基酸和蛋白质含量。
微量元素过量也会对农产品质量带来负面影响。锰过量多见于酸性土壤上，水稻和大麦、小麦锰中毒时子粒产量和品质均明显降低。果树作物锰中毒时，果实形小，着色不匀，感官质量降低。
铜和锌虽然是必需微量营养元素，但也是主要的污染重金属元素。一些作物（尤其是蔬菜作物）在生长未受显著影响时，体内已积累了较高水平的铜或锌，达到甚至超过食品卫生标准（国家蔬菜卫生指标：Cu<10mg/kg，Zn<20mg/kg），使农产品的卫生质量降低。
硼过量对农产品质量直接的不良影响还不明确。硼过量会抑制植物对钼的吸收，使植物体内NO3-积累，使蔬菜产品（尤其是根菜、叶菜和茎菜）的卫生质量下降。
钼过量主要表现为牧草含钼量过高（5mg/kg）引起反刍动物钼中毒。
氯过量除了土壤和灌溉水含氯量过高（如滨海地区）外，主要是由大量施用含氯化肥引起的。氯过量对农产品质量的不良影响生产上较为常见，主要表现为小麦子粒蛋白质含量的降低、马铃薯贮藏质量变劣、甘蔗含糖量及加工质量降低、蔬菜产品粗纤维含量增加与感官（如适口性）品质降低以及烟草有机酸含量降低、蛋白质含量增加、可燃性变差等。
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