劳动关系的当事人双方是员工和公司，与老板没有法律关系。若公司已经注销，则当事人一方不存在了，劳动部门当然结案。建议申请劳动仲裁，以现在的公司为被申请人，如果仲裁不受理，可以以现在的公司为被告向法院起诉。（诉讼费10元，仲裁不收费。）
对于公司存续期间进行的经营活动，仍然要承担相应的法律责任的，只是因为公司登记已经被注销，追究责任的主体会有所变化，变为投资人或股东。所以，你现在需要起诉已经的注销公司的股东们。
再举报，让劳动监察大队再查！
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