一般来说，同样链长的α-COOH比同样链长的羧酸酸性强，比如说甘氨酸（pKa=2.34）比乙酸（4.76）的强200多倍。这是因为α-NH3+基是一个强吸引电子的基团。反过来，α-COO-也影响α-NH3+的解离，所以导致碱性较弱。因此，大部分的氨基酸等电点都偏酸，所以会导致大部分蛋白质的等电点偏酸。
PI碱性的蛋白质是有的，因为有碱性氨基酸的存在，精氨酸、谷氨酸、组氨酸，这些氨基酸一旦比例较大，就会导致等电点偏碱。
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氨基较多，解离为铵根离子和氢离子，显酸性。有。羧基较多，解离为羧酸盐和氢氧根离子，显碱性
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