应该是绩效考核评分与员工手册中的奖罚制度有冲突。一般公司所有的部门绩效考核评分细则都必须参照员工手册制定，不得相冲突。如有冲突，须以员工手册中的规定为准。
换句话说：员工手册是总则，部门绩效考核评分标准是细则，是对员工手册中的规定进行细化明确，但不得超出员工手册的规定。
比如：员工手册中规定员工连续旷工三天以上，公司做开除处理，那么说：部门的制度中就不能制定连续旷二天以上，就开除的条款。必须与员工手册中规定的一致。
所有说部门主管制定部门绩效考核评分标准，一定符合公司制度的规定。才有可执行性，执行起来才没有障碍。
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