港口古名为杜迁镇，民国《宁国县志·舆地志·乡镇》记载：“杜迁镇，县西北三十里，今曰港口镇，宋《元丰九域志》宁国有杜迁镇，杜亦作纯。”南宋杨万里过宁国县杜迁时赋诗《晨炊杜迁市煮笋》。港口镇是古老的市镇，明嘉靖《宁国县志·市镇牌坊》记载：“港口市，县北三十里。”明朝王廷相写有诗歌《港口舟行》。明朝初年，港口流村已是水阳江上游可停泊百吨舟船的码头，是宁西北和古宣州西南物资集散地，此地集镇即以港口为名。
明清时期，港口镇属延福乡三十五～三十七都，民国24年属第一区管辖（驻地城里）。解放后设联合、乌石、杨泗3个行政村，1952年设联合、桃源两个乡，1958年成立港口公社，辖山门、太平、青龙、港口4个乡。1961年调整社队规模仍称港口公社。1952年以原港口街（村）建镇，更名港口镇，驻地菜市街。1958年撤镇为乡，1974年又设港口镇，1973年划为标准镇。1983年原港口公社更名为港口乡，驻地港口镇正街。1987年9月港口乡划为港口镇。2001年区划调整，原山门乡、太平乡划入港口镇，驻地为港口镇上街头。
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