通常，造成这种情况的原因有两个，一是风的影响，二是航路的差异。
风的影响是最主要的原因。飞机是在大气环境中飞行的，我们操纵飞机保持一个相对空气的速度飞行，这就叫做“空速”。而同时空气也是在运动的，也就是说，在顺风中飞行时，飞机的实际速度就是空速加风速，逆风时候恰好相反，相同距离的飞行，顺逆风情况下所需的时间相差很多。另外，由于太阳辐射地面和地球自转原因造成了大气环流现象，不同纬度上和不同季节的风向风速各不相同。我们国家所处的中纬度地区风向一般是自西向东，风速冬春大，夏秋小。所以，在冬季往返西部和东部地区时，同一航线往返飞行的时间差尤其明显。
另外一个原因就是航路不一样。由于当代民航业发展很快，空中飞行的飞机越来越多，密度越来越大。为了安全间隔，飞机之间除了有高度差，时间差外，在水平方向上也要拉开差距。还有飞机在空中飞行的时候及有可能遇到雷雨、浓积云等特殊天气情况，当飞机遇到这种情况时会采取绕道飞行以避开可能出现的危险。所以即使是执飞同一航线往返所需时间不同的一个因素。
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