基肥（底肥）施用
基肥，一般叫底肥，是在播种或移植前施用的肥料。在翻耕时，将有机肥均匀施入，随着翻地将肥料翻入土中，这种方法简单，易操作，能够起到很好的改良土壤的目的，但于其均匀施入土壤，不能全部甚至大部分接触根系从而被根系利用，因此，肥料利用率这势必造成多余的浪费，带来一定的经济损失，其次也容易产生土壤障碍。因此该方法比适合于种植密度大的作物。
追肥施用
有机肥用作追施的方法有土壤深施和根外追肥两种。土壤深施一般将有机肥施在根系密集层附近，施后覆土，以免造成养分挥发损失。根外追肥是将堆肥与10倍的水混合均匀，静置后取其上清液，借助喷雾器将肥料溶液喷洒在作物叶面，以供叶面吸收。
用作种肥
种肥的使用方法有多种，如拌种、浸种、条施、穴施等。拌种是用少量的清水，将有肥溶解或稀释，喷洒在种子表面，边喷边拌，使肥料溶液均匀地沾在种子表面，阴干后播种的一种方法。浸种是把肥料溶液溶解或稀释成一定浓度的溶液，按液种1:10的比例，把种子放入溶液中浸泡12~24h，使肥料液随水渗入种皮，阴干后随即播种。开沟或挖穴后将肥料施入耕层3~5cm的沟、穴中，再在肥带附近播种，种肥距保持在3cm以上。用作种肥肥料要求养分释放要快，不能过酸、过碱，肥料本身对种子发芽无毒害作用，堆制后充分腐熟的有机肥是很好的种肥。
用作育苗肥
充分腐熟的有机肥料，分释放均匀，养分全面，是育苗的理想肥料。一般以10%的发酵充分的发酵有机肥料加人一定量的草炭、蝇石或珍珠岩，用土混合均匀做育苗基质使用。
有机肥全层施肥与集中施肥
全层施入是将有机肥撒满地表，通过耕地使有机肥施入全土层中，这种施肥方法在有机肥较多(每亩4000~6000kg)或者作物密度较大的情况下可以应用。集中施入土壤中就是通过开沟把堆肥施入作物的根系附近，这种施肥方法在肥料较少（每亩1500~3000kg)和土壤肥力比较低的情况下，值得采用。
有机种植最大的痛点就是没有有机土壤，无法做到离开化肥、农药，造成花卉等植物从一开始就受到污染。所以尽量用有机肥、有机土壤种植，以原绿蚯蚓粪有机肥为例，通过铺陈有机土壤，科学地浇灌、护理。借助大自然的力量，让花卉等植物再现最纯真的笑容：
1.在花盆中按1：3（1份蚯蚓粪3份园土）的比例拌入蚯蚓粪后种花，1～2年内不需追施任何肥料，也无需集翻盆换土。或每2～3个月在盆土表面轻轻拌入1～2杯（约2两）蚯蚓粪。
2.果实、花或生病的盆栽植物：把1份蚯蚓粪浸泡在3份水中保持24小时以上制成混合物（茶水），施于植物、果实或花的表面。
3.每个蔬菜坑放半杯蚯蚓粪或1～2个月施一次（每棵半杯或每尺一杯）。
4.作为配方营养土，一般按1份蚯蚓粪3份土壤的混合比例使用。
5.新草坪：以1～2斤/㎡蚯蚓粪轻轻施入表皮土壤，然后用碎稻草覆盖好已点进草坪种的土壤，并保持其湿度。
6.新栽培成新移植的树木、灌木，可按1份蚯蚓粪3份园土的比例混合遍施洞内，再把植物植入坑内，覆土浇水即可。
有关，有机种植使用有机肥。
有机种植最大的痛点就是没有有机土壤，无法做到离开化肥、农药，造成花卉等植物从一开始就受到污染。所以尽量用有机肥、有机土壤种植，以原绿蚯蚓粪有机肥为例，通过铺陈有机土壤，科学地浇灌、护理。
有机种植是一种在生产中不使用化学合成的肥料、农药、生长调节剂，也不采用基因工程和离子辐射技术，而是遵循自然规律，采取农作、物理和生物的方法来培肥土壤、防治病虫害，以获得安全的生物及其产物的农业生产体系。其核心是建立和恢复农业生态系统的生物多样性和良性循环，以维持农业的可持续发展。
适合种植有机蔬菜的肥料种类有：有机肥、堆肥、沤肥、绿肥、矿物源肥料，以及一些厂家生产的允许在有机蔬菜上施用的纯有机肥和生物有机肥。这些肥料在施用过程中，需要注意：用于有机肥堆制的添加微生物必须来自于自然界，而不是基因工程产物；自制有机肥要经过彻底腐熟；堆肥和沤肥必须通过发酵杀灭其中的寄生虫卵和各种病原菌；沼气肥制取时要严格密闭，且有适量水分，发酵最适温为25~40℃，碳氮比调节在30~40；沼渣经无害化处理后方可作农肥：种植绿肥要注意在其鲜嫩时通过耕地切碎并翻入土壤，并在其中进行腐熟分解，或者通过堆肥的方式制肥；矿物源肥料中的重金属含量应符合表1中的限制，施用时要避免各元素之间的相互影响和相互制约以及存在的拮抗关系。
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