开发商代办新房的房产证并收取一定的费用是合理而普遍的,但并无统一的价格标准,所以您如果觉得1000元/宗过高,可以与开发商协商.而且这个程序理论上您自己也可以办,只是相对麻烦一些.
没太懂您说双拼房是什么意思,如果指的是别墅中的联体双拼(半独立屋,即所谓semi-detached)其中的一间,应该算是一套房;但如果是前一段时间一些开发商为避开90平米红线而建造的所谓套房,会有两个房产证,所以应视为两套房,手续费加倍也是有道理的。
办理房产证的具体费用,请到当地房管局咨询,各地标准不同,一般都有省财政的标准定价文件的,你网上查查应该也有的。至于代办费,这个属于民事行为了,一般自行协商的。
另外你讲的双拼房,应该是开发商到房管局备案分割的时候按了2个单位来备案的,所以要出2个房产证,当2个单元计算,所以收双倍。
建议自行办理房产证,代办从中牟利,是与国家政策相悖的,可及时向有关部门投诉。此外,你说的双拼房,如果开发商在备案中是按照2个单位来备案的,那缴税是按照2个单位来了。