关于母子公司之间财务关系处理，包括费用分摊、资金往来 A公司为B公司的母公司，持股100％，问题如下：

一、关系费用分摊问题：相关人员可以与集团公司与分公司签订合同，像很多集团的副总都兼有子公司的总经理一样，关于社保问题，这个是很好解释的，如果不好解释，可以对员工购买社保的情况作个备案，另外叫员工写一份弃保协议，内容是已经由其他公司代购社保，这种情况人社局是允许的，这样的话员工报销的费用就可以税前列支了。关于费用的配比问题，金额较大的，有很明显的配比原则的，应该明显的分开列支，如果一些小额的不明显的，像一些差旅费之类的，确实不好分，实际操作中是没有多大问题的。因为税务局也不可能区分一笔较小的费用到底属于哪个公司（发票有抬头的除外）。
二、关于固定资产折旧的问题，应该区分一下B公司与A公司是不是在同县市，如果是在同县市，可以按固定资产账面所属的公司计提折旧，前提是固定资产取得时的发票注明的公司要正确，这样在相关的要件上是齐全的，不再需要把资产转入B公司了。如果是两个公司不在同一县市，建议你做固定资产旧货的平价交易处理，这样也不存在税负问题。
三、关于资金往来的业务，按目前国税相关规定，建议你收取利息并交纳相关营业税金。大实际操作中像你这样的情况不收利息也可以，但有存在税务机关核定补税的风险。这种业务从理论上来说必须是收取利息，但实际操作中也有很多企业不收利息，税务机关认可的，这种东西很难一概而论。建议你企业结合税收负担、税务风险、当地税务关系等情况综合考虑！希望我的回答能帮到你！

你的困惑，我在10年前就遇到过。
这完全是领导作怪，拍脑袋想出来，制造的麻烦，他不知道财务人员的工作有多难。
既然都分不开，关系理不顺，你中有我 ，我中有你。
为什么要搞出两个来，合起来不就什么事都没有了。
这种核算形式，不是与税务关系好坏，就能搞定的。
税务上三种说法，已经很清楚了。
不查，也就过了。一查，都是问题。
要彻底解决问题，要就分开，相互开票结算；要就合并，一个锅里捣。再没有第三条路可走。
领导也要考虑会计的难处，考虑税务的难处。
给会计添麻烦，也就算了。谁叫你拿他的工资，不听他的指挥，还行！
特别是不要给税务添麻烦，叫人家有多为难，怎么帮你？！
总不能让他们捧着金饭碗，来替你背黑锅？
这些领导独霸一方，总以为自己什么都能搞定，
一会儿这样，一会儿那样，不是为了变戏法出政绩，就是另有所图。
但是国家比你还大，国家有国家的法律规定，绕不过去的。
怎么会让他们一相情愿的，想分就分。想合就合？
违反市场规律办事，早晚要出事的。
等着看吧。