摄山栖霞寺为南朝古刹，初称栖霞精舍，以山多药草可以摄养故名摄山。
初齐，居士明僧绍隐居于此，会法度禅。师自黄龙来，讲《无量寿经》于山舍，僧绍深敬重之，因舍为寺以奉。时为齐永明七年也。后僧朗法师来自辽东，大弘三论之学，世称为江南三论之祖。僧诠、法朗诸师继之，其学益盛。先是僧绍欲于此山造佛像未果，其子仲纬继其志，与度禅师就西峰石壁造无量寿佛及二菩萨，高俱三丈有余。
梁大同中，齐文惠太子与诸王又吝造大小诸佛像于千佛岩。
隋仁寿元年，隋文帝于八十三州造舍利塔，其立舍利塔诏以蒋州栖霞寺为首。
唐时改名功德寺、隐君栖霞寺。唐代寺运益隆，遂与台州国清寺、荆州玉泉寺、济州灵岩寺并称为天下四绝。鉴真和尚第五次东渡未成，归途曾驻锡于此。
南唐时重修栖霞寺改名为妙因寺。
宋代又改名为普云寺、栖霞寺、严因崇报禅院、景德栖霞寺、虎穴寺（因栖霞山又名虎穴山）。
明洪武五年（1372年）复称栖霞寺。明末清初云谷觉浪二师并加修葺。
清乾隆帝五次南巡俱设行宫于栖霞，益增殊胜。
清朝末年，太平天国与清兵作战时，栖霞寺毁于战火，太平天国以后乃趋萧条。
民国初年，诗僧宗仰自金山来稍事复兴，未竟全功而殁。其后寺僧以水泥修补千佛岩，佛首涂抹失真，识者臧马。解放以来政府对此名刹甚为关注。1919年重建栖霞寺。
1963年中日两国饰教文化等各界人士共同举行纪念鉴真和尚圆寂一千二百年盛大活动，日本佛教界以鉴真和尚雕像斋赠中国，奉安此寺。
1966年，四凶之乱，经像法器多遭破坏，寺僧散于四方，而千佛岩之佛首又被毁，殿堂赖部队保护未受摧残，鉴真像亦幸无恙。中国佛教堂供奉鉴真像，以为中日世代友好之纪念。如此千年古刹今后宜如何保护，盖后之责也，固略述栖霞寺之盛衰往迹以谂来者。
1979年，修复后作为佛教活动场所对外开放。中国佛教协会赵朴初会长亲笔撰写了《重修栖霞寺碑文》，对栖霞寺1500年的历史作了总结和介绍。
1983年11月，中国佛教协会决定在南京栖霞寺成立中国佛学院栖霞山分院。
1984年9月，栖霞山佛学院招收了56名学僧，他们来自19个省的43所寺庙，在这里进行了两年的学习，系统学习了佛教史、佛教三经、百法明门论、五蕴论、唯识三十论要释、戒律、语文、历史、地理、时事政策、外语等十几门课程。
1986年7月，首届毕业生毕业，一部分报考中国佛学院继续深造，一部分回到原来寺庙从事寺庙教务和管理工作。
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