大约在距今200万年以前，地壳发生了一次强烈的运动，青藏高原大幅度隆起，岩层受到挤压，有的褶皱隆起，成为高山，有凹陷下落，成了谷地或山间盆地。纳木错就是在地壳构造运动陷落的基础上，又加上冰川活动的影响造成的。早期的纳木错湖面进非常辽阔，湖面海拔比现在低得多。那时气候相当温暖湿润，湖水盈盈，碧波万顷，就如同一个大海。后来由于地壳不断隆起，纳木错也跟着不断上升，加上在距今1万年以来，高原气候变是干燥，湖水来源减少，湖面就大大缩小了，湖泊则被抬升到现在的高度。现在湖面海拔4718米，是世界上海拔最高、面积超过1000平方公里的大湖。
纳木错湖水靠念青唐古拉山的冰雪融化后补给，湖水不能外流，是XXX第一大内陆湖。湖区降水衡少，日照强烈、水分蒸发较大。湖水苦咸，不能饮用，是我国仅次于青海湖的第二大咸水湖。
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