功能相同的文件归在一起就好了。以一个企业站为例吧，根目录一般存放图片文件夹，特效文件夹，后台管理文件夹，上传附件文件夹，动画文件夹，其他功能类的插件都都独立开存放。其他前台展示的页面一般都放在根目录下就可以了。
