司法亲子鉴定和个人亲子鉴定的主要区别在于：前者具有法律效力，如有特殊需要，经充分协商，可以派专业的鉴定人员为您出庭作证，保证您的合法权益。后者常用于不便公开采样，对结果肯定或否定不很敏感等客户。司法鉴定必须由专业人员采样，个人鉴定则可以自行采样，匿名寄送。两者的收费标准也不相同。大多数司法鉴定可以要求数量可观的精神赔偿，而个人鉴定则不行。
最大的区别在于其用途的不一样，个人鉴定只供个人参考，不能用来做其他事情。司法鉴定用的地方比较广了。
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