A、位于常染色体上的一对同源染色体上相同位置的基因为等位基因或相同基因，它们控制同一种性状，A正确；B、非等位基因位于非同源染色体上或同源染色体的不同位置上，B错误；C、位于X或Y染色体上的基因，其表现的性状一定与性别有所关联，C错误；D、位于性染色体上的基因，在遗传中遵循孟德尔定律，但表现伴性遗传的特点，D错误．故选：A．
