经过一番打拼,1636年清太宗皇太极登基称帝,改国号为“清”,皇太极的建国称帝代表着清朝要与明朝一样,要成为合法的政权。但是,当时的清政权仍然只是控制着东北,并没有对中原有着实质性的进展。而这时,中原又有流寇作乱,明朝两线作战,苦不堪言。1644年,闯贼李自成抢先一步,攻陷北京,崇祯帝殉国,明朝在理论上宣告灭亡。李自成遂招远在山海关的总兵吴三桂,吴三桂出尔反尔,先降后叛,李自成带兵出击山海关,与吴三桂展开著名的“山海关大战”。吴三桂在战前已与清军沟通,清军随后加入这场战争,李自成大败,退回北京,后退回西北。吴三桂打开山海关城门,清军就此入关,定鼎北京。
清顺治元年(1644年)十月底,清摄政王多尔衮发布文告,准备兵分两路,一路由阿济格带兵,统帅吴三桂,尚可喜等将领,进攻西北地区之李自成;另一路由多铎带兵,下江南讨伐南明。1645年,李自成在湖北九宫山神秘失踪;同年,清军在江南展开了臭名昭著的暴行,“扬州十日”、“嘉定三屠”等暴行也彻底的揭露了这个王朝的禽兽性。1645年,多铎攻陷南京,弘光帝朱由崧被擒,弘光政权灭亡,朱由崧于次年被清廷杀于北京。随后,清军在贝勒、王爷和一群汉奸的合力围攻下,明朝这个文明国度被彻底的推向了灭亡的深渊。虽然明朝宗室又在南方建立了几个小朝廷,但也抵挡不住清军的进攻。1646年,隆武帝朱聿键被俘,绝食数日后殉国。1647年初,在四川建立大西政权的张献忠被清将豪格一箭射死,大西政权灭亡。年底,隆武帝的弟弟绍武帝朱聿鐭又被汉奸李成栋逼死。这样一来,明朝的宗室仅剩下永历帝朱由榔。而清朝在基本扫除明室以及农民军政权之后,逐渐的统一了中国。1661年,吴三桂在缅甸擒了朱由榔,并于次年将其杀死,至此,明庭陨落,全国只有台湾的郑氏家族(郑成功)还在坚守着明朝“永历”年号。