A、大种群之所以变成小种群，就是由于栖息地被破坏，种内斗争加剧导致的，A正确； B、由于种群数量变小，种群的基因频率可能发生显著变化，B错误； C、种群数量减少导致基因多样性减少，而基因多样性降低导致适应环境的变异减少，C错误； D、近亲的两个人可能是同一种隐性遗传病的携带者，因此近亲交配导致有害基因纯合的概率增加，D错误．故选：A．
