区别是：光学显微镜只能看到某些细胞结构，如细胞壁、叶绿体、染色后的染色体、线粒体、细胞核等，电子显微镜可以看到细胞器的内部结构以及象核糖体这样较小的细胞器。光学显微镜看到细胞的显微结构，电子显微镜可以看到亚显微结构。
光学显微镜只能看到细胞微生物之类，电子显微镜能够看到分子甚至看到分子以下的原子。
