立枯病也是辣椒苗期的主要病害之一，主要发生于育苗中后期。发病初期，在苗茎基部产生暗褐色的病斑，继而病斑绕苗茎一周，病部逐渐收缩、枯死，最后地上部分因得不到水分供应而枯死。因该病发病时期较晚，发病时苗茎已比较粗硬，故病苗不发生倒伏。如果苗床里的温度和湿度适宜时，病苗发病处还可见到稀疏的淡褐色蛛丝网状样的霉。该病发生的适宜条件是高温、高湿，适宜的发病温度为24℃左右。
