2000年防城区辖6个镇、9个乡：防城镇，大菉镇，华石镇，那梭镇，那良镇，峒中镇，附城乡，茅岭乡，那勤乡，扶隆乡，滩营乡，平旺乡，板八乡，那垌乡，江山乡。
2005年，那良镇、那垌乡、2个乡镇撤并为那良镇，峒中镇、板八乡、2个乡镇撤并为峒中镇，滩营乡、平旺乡2个乡镇撤并为滩营，撤并后设立防城镇、附城乡、华石镇、那梭镇、峒中镇、滩营乡、茅岭乡、那良镇、扶隆乡、大菉镇五个镇四个乡。
2013年防城区辖2个街道（水营街道 、文昌街道 ）、6个镇、4个乡：防城镇、大菉镇、华石镇、那梭镇、那良镇、峒中镇、茅岭乡、扶隆乡、滩营乡、江山乡，共141个行政村、15个社区。全区总面积2427平方公里，城区面积12.5平方公里。区政府驻防城镇。
2014年1月成立防城区珠河街道办 ，珠河街道办成为防城港市第五个街道办，防城区第三个街道办。
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