己缴税的海关代征增值税及关税税单遗失

对纳仔册税人丢失的海关完税凭证，纳税人应当凭海关出具的相关证明，向主管税务机关提出抵扣申请。主管税务机关受理申请后，应当进行审核，并将纳税人提供的海关完税凭证慎首电子数据纳入稽核系统比对，稽核比对无误后，可宽戚数予以抵扣进项税额。

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若企业由于丢失税单而无法及时缴纳税款，企业可以向现场海关或委托其进出口代理人向现场海正念关申请补打税单。

国家税务总局 <关举胡困于修订《增值税专用发票使用规定》的通知>
国税发〔2006〕156号
第二十八条 一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》（附件5），经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查；如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联到主管税务机关认证，专用发票发票联复印件留存备查。
一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。
第三十条 本规定自2007年1月1日施行，《国家税务总局关于印发〈增值税专用发票使用规定〉的通知》（国税发〔1993〕150号）、《国家税务总局关于增值税专用发票使用问题的补充通知》（国做扰税发〔1994〕056号）、《国家税务总局关于由税务所为小规模企业代开增值税专用发票的通知》（国税发〔1994〕058号）、《国家税务总局关于印发〈关于商业零售企业开具增值税专用发票的通告〉的通知》（国税发〔1994〕081号）、《国家税务总局关于修改〈国家税务总局关于严格控制增值税专用发票使用范围的通知〉的通知》（国税发〔2000〕075号）、《国家税务总局关于加强防伪税控开票系统最高开票限额管理的通知》（国税发明电〔2001〕57号）、《国家税务总局关于增值税一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票有关税务处理问题的通知》（国税发〔2002〕010号）、《国家税务总局关于进一步加强防伪税控开票系统最高开票限额管理的通知》（国税发明电〔2002〕33号）同时废止。以前有关政策规定与本规定不一致的，以本规定为准。
因此,如果属于客户将发票联和抵扣联全部丢失且未认证的情况.你公司只有将该发票的计账联复印件同时加盖本单位公章还有你公司主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》交给客户由客户根据以上规定进行处理了.你描述的情况已经超过90天,由于该文件规定的不是很详细.但是我估计应该是在认证其间内才可以.如果客户没有办理成功的话.客户只要凭借你公司的发票计账联复印件下账了,但是不能够抵扣的进项税额.客户这么大意,只有自认倒霉了.
参考资料：http://www.customs.gov.cn/YWStaticPage/6502/cc012d59.htm

　　对纳税人丢失的海关完税凭证，纳税人应当凭海关出具的相关证明，向主管税务机关提出抵扣申请。主管税务机关受理申请后，应当进行审核，并将纳税人提供的海关完税凭证电子数据纳入稽核系统比对，稽核比对无误后，可予以抵扣进项税额。

1、增值税：对从事销售货物或提供加工、修理修配劳务、以及进桐拆口货物的单位和个人取得的增值额为课税对象征收的一种税。
2、消费税：是对旅镇我国境内从事生产、委托加工和进口应税消费品的单位和个人就其销售额或销售数量，在特定环节征收的一种税。
3、关税：是指进出口商品在经过一国关境时，由政府设置的海关向进出口商所征收的税收。
以上三个税种是相互独立、区别的。
在进口环节，为了方便纳税人，采取的是海关代征增值税和消费税。这个是要分别取得票据的，不能和关税混为一谈。

　进口关税、增值税都是海关缴纳，完税证明也到海关窗口打印拆轮粗，企业网上支付关税增值税后的大概流程：

1. 海关发出税费指令，企业通过网上支付税款后两到三个工作日，海关签发纸质税单　

2. 然后银行拿到海关的纸质税单再转交企业。一般银行会把相关单据放在企业开户行的回单柜里

3. 另外，企业一般当月可以拿到税单，具体时间看企业和银行的约定。如果其间增加货代这个环节，流转时间企业需要和货代协商约定。

一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机和颂关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》（附件5），经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查；如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联到主管税务机关认证，专用发票发票联复印件留存备查。
一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。
第三十条 本规定自2007年1月1日施行，《国家税务总局关于印发〈增值税专用发票使用规定〉的通知》（国税发〔1993〕150号）、《国家税务总局关于增值税专用发票使用问题的补充通知》（国税发〔1994〕056号）、《国家税务总局关于由税务所为小规模企业代开增值税专用发票的通知》（国税发〔1994〕058号）、《国家税务总局关于印发〈关于商业零售企业开具增值税专用发票的通告〉的通知》（国税发〔1994〕081号）、《国家税务总局关于修改〈国家税务总局关于严格控制增值税专用发票使用范围的通知〉的通知》（国税发〔2000〕075号）、《国家税务总局关于加强防伪税控开票系统最高开票限额管理的培棚键通知》（国税发明电〔2001〕57号配巧）、《国家税务总局关于增值税一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票有关税务处理问题的通知》（国税发〔2002〕010号）、《国家税务总局关于进一步加强防伪税控开票系统最高开票限额管理的通知》（国税发明电〔2002〕33号）同时废止。以前有关政策规定与本规定不一致的，以本规定为准。

您好,海关增值税和关税缴款书企业通常只存有收据联，作为完税证明。企业收到的海关增值税缴款书需提物纤交缴款书信息经海关和国税系统稽核比对，信息相符的凭稽核比对相符通知书抵扣，企业留存通知书和海关缴款书备查。我没有实际操作过海关差蚂芹缴款书丢失业务，但参考税务对遗失增值税进项发票的相关规定，个人认为您可以凭海关确认已缴清税款的证明和稽核比对相符通知抵扣
参考信息：根据海关总署令第124号第十九条规定，海关税款缴款书一式六联，第一联（收据）由银行收款签章后交缴款单位或者纳税义务人；第二联（付款凭证）由缴款单位开户银行作为付出凭证；第三联（收款凭证）由收款国库作为收入凭证；第四联（回执）由国库盖章后退回海关财务部门；第五联（报查）国库收款后，关税专用缴款书虚毕退回海关，海关代征税专用缴款书送当地税务机关；第六联（存根）由填发单位存查。