申扎县属南羌塘高原大湖盆地带，地势较缓，丘陵、高山与盆地相间，丘陵与山地的相对高差一般在300至500米之间，坡度较大，地表多为风化破裂碎石堆和岩屑坡。地质结构分为南部念青唐古拉山岩浆带和北部大湖拗陷带。地势南高北低，由海拔5900米以上的念青唐古拉山向海拔4530米的色林措湖倾斜，最高峰甲岗山突居中南部，海拔6448米，终年积雪。最低处为色林措湖面，与最高峰相差1900多米。平均海拔4700米以上，县城所在地海拔4672米。
申扎县山川有：甲岗山、琼山、马跃嘎瓦山、觉吴亚邦山、友恰白同山、吉琼山、夏玛山、泽蓝忠那山、岗青巴吴山、色多岗青山、岗琼山、玉拉加玉山、泽嘎希琼曲姆山。
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