巴氏杀菌采用较低的杀菌温度，高温杀菌采用135℃以上灭菌数秒。
具体如下；
巴氏灭菌法(pasteurization)，亦称低温消毒法，冷杀菌法，是一种利用较低的温度既可杀死病菌又能保持物品中营养物质风味不变的消毒法。采用较低温度(一般在60～82℃)，在规定的时间内，对食品进行加热处理，达到杀死微生物营养体的目的，是一种既能达到消毒目的又不损害食品品质的方法。
高温杀菌一般采用采用135℃以上灭菌数秒。
营养成分上，高温杀菌由于温度较高，营养物质破坏也会比巴氏杀菌多，但破坏的主要是维生素等微量营养物质，其他蛋白质、脂肪等无太大差异。巴氏杀菌营养破坏较少，但由于不能杀死所有细菌，所以保质期也较短。
从巴氏杀菌与高温杀菌的操作方法，保质期，营养成分，包装和优点与不足几个方面对比：
巴氏灭菌法奶
方法：
巴氏灭菌奶又称巴氏消毒奶，是把牛乳加热到75℃持续15秒或加热到62℃持续30分钟的巴氏消毒方法。这种消毒方法能有效杀灭生长型致病菌，但不能杀灭芽孢。
储存、保质期：
芽孢的活性在4℃以下会得到有效抑制，不会对人体产生危害。所以，巴氏灭菌奶需要0—4℃冷藏，其保质期也很短，根据包装工艺一般为2—15天不等。
营养成分的损失：
经巴氏消毒的牛奶，在蛋白质、矿物质、乳糖等营养素方面没有什么明显的变化，虽然B族维生素会有一定的损失，但是它的保存率可达到90%以上。维生素C可能会损失20%—25%，但牛奶不是维生素C的主要来源，所以不必太在意。
包装：
市面上巴氏消毒的牛奶通常会采用塑料袋、玻璃瓶、利乐屋的包装，塑料袋和玻璃瓶的保质期会短一下，大概两天，利乐屋包装的会相对长一些，大概7—15天。
优点：
营养素的损失小
奶质相对新鲜
不足：
储藏条件受限
外出携带不方便
超高温灭菌奶
方法：
超高温灭菌奶又叫常温奶，是牛奶经过超高温瞬时灭菌(135℃到150℃，4到15秒)的处理方法，完全破坏其中可生长的微生物和芽孢。
储存、保质期：
常温下保存30天以上。
营养成分损失：
由于灭菌方法为超高温，所以牛奶中对热不稳定的营养素会受到影响，如B族维生素会损失30%—40%，维生素C会损失损失20%—25%。另外乳糖会在高温条件下发生焦化。
包装：
市面上的超高温灭菌的牛奶的包装通常为：利乐枕和利乐砖包装。
优点：
饮用方便
消毒彻底
储存方便
外出携带方便
不足：
营养素有一定损失
奶质上市时间相对要长
营养师点评：
不管是巴氏消毒奶还是超高温灭菌奶都是我们日常生活中膳食钙的良好来源
如果日常居家饮用，在有时间采购的前提下，建议选择巴氏消毒奶，但是一定要放在冰箱里冷藏，并注意保质期。
如果外出，我建议可以带上超高温灭菌奶，因为这种奶便于携带，储藏不受温度限制。
中国居民膳食指南建议每人每天饮奶300g或相当量的奶制品。
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