《国家税务总局关于认真做好增值税专用发票发售、填开管理等有关问题的通知》（国税函[2003]785号）规定：“在未收回专用发票抵扣联及发票联，或虽已收回专用发票抵扣联及发票联但购货方已将专用发票抵扣联报送税务机关认证的情况下，销货方一律不得作废已开具的专用发票。” 国税函[2003]962号文中也规定，因购货方无法退回专用发票的发票联和抵扣联，销货方收到购货方当地主管税务机关开具《进货退出或索取折让证明单》的，一律通过防伪税控系统开具负数专用发票作为扣减销项税额的凭证，不得作废已开具的蓝字专用发票，也不得以红字普通发票作为扣减销项税额的凭证。 根据这些规定，销货方在未取得购货方专用发票的发票联和抵扣联，或购货方当地主管税务机关开具的《进货退出或索取折让证明单》，是不得擅自将已开具的专用发票作废的。销货方擅自作废专用发票的行为违反了增值税专用发票的相关规定。销货方的违规行为不应由该公司承担不利的法律责任。该公司应向税务机关说明情况，必要时可通过行政复议维护公司的合法权益。
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