随着养牛业生产规模化、集约化的迅速发展，产生了大量的粪便，如果控制与处理不当，不但直接造成对环境的污染，粪便还产生臭气及孳生蚊蝇，影响周边环境。所以，奶牛粪便对环境造成的污染也日益加剧。防止奶牛场粪便污染主要通过以下几个途径：
生产环保型饲料。饲料是污染的源头。奶牛采食量大，饲料中未被消化吸收利用的氮、磷和金属元素等随粪便排出，可导致严重的环境污染。通过合理处理饲料原料，科学设计饲料配方，合理使用奶牛饲料添加剂等，可显著提高饲料利用率，从而有效地降低动物粪便中氮、磷和金属元素含量，减少对环境的污染。
经济有效的粪便贮存与处理，是防止奶牛场粪便污染的重要措施。奶牛场的粪便处理有多种方法，主要是土地还原法、厌气发酵法、人工湿地处理和生态工程处理等。牛粪的主要成分是粗纤维以及蛋白质、糖类和脂肪类等物质，它们在环境中易分解，可以被土地稀释和扩散，逐渐得到净化。将牛场粪尿进行厌气发酵，生产沼气，不仅可以净化环境，而且可以获得生物能源。同时，通过发酵后的沼渣、沼液把种植业、养殖业有机结合起来，形成一个多次利用、多层增值的生态系统，目前在许多国家采用这种方法处理奶牛粪便。
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