如果你的序列里面有gaps，那么你是否设置了gaps symbols（也就是问号、空格之类的），序列里面如果有gaps就要用那些符号代替。发现gaps并用这些符号代替的目的是为了保证不同序列长度的一致。
如果你没有设置gaps，也就是说，序列有长有短。当你选择了Pairwise Deletion的时候，根据其原理，都有某个碱基缺失的序列和没有该碱基位点缺失的序列在计算时会被分为两组，也就是你的分析里模型参数要根据不同的数据集进行估计，这样很容易出现算不下去的问题。
由于不知道你的数据集到底是如何处理的，你检查下我上面说的看看，首先要设置gaps符号，最后校对下gaps的使序列有同样的长度，毕竟我们的序列往往都是测序中出现的，一般数目很少。然后不用选Pairwise Deletion。
应该是序列差别太大,根本就没同源性可言
把相差太大的序列去掉再重新做树看看
我以前也碰到这种情况,随便拿几条来试的话就会
是要有同源性的序列来比对才可以的吧
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