国家司法部规定：司法鉴定机构和司法鉴定人必须有国家承认的资格，否则其出具的鉴定结果无效……

对于你的这个问题，是这样的：
1、司法部有关司法鉴定资格的规定对法院有约束力，因为司法部作为全国的司法行政部门，对于鉴定人有管理的权力。法院在把鉴定结论引为审判案件的依据时，必须使用得到司法部认定的鉴定人的鉴定，否则是无效的判决。所以你的案件中，法院的判决是错误的。
2、我国法律规定，如果当事人对于鉴定结论提出疑义的，应当重新鉴定。
3、你的问题可以用两个方法解决：
（1）上诉到上一级人民法院，以一审法院程序违法要求撤消原判决，应该可以发回重审。
（2）到同一级或高一级人民检察院，要求人民检察院以审判监督的名义进行审判监督。

那你就必须找一家有鉴定资格的机构重新进行鉴定，该有鉴定资格的机构的鉴定结果更具有权威性，与你那份鉴定结果相比较，法院应当采用有鉴定资格的机构所出具的结论。
但是法院所判决所依据的鉴定结果不一定是据有鉴定资格的机构所出具的，在无其它证据证明的情况下，可以依据该鉴定结果做出结论，如果有更加权威，如省级政府认定的鉴定机构出具的结论的话，那么当以后者为准。
司法部的规定只是针对司法鉴定机构的资格做出的规定，并没有规定法院不得采纳其它机构做的鉴定。
以上只是我的观点。

国家司法部的规定是正确的，各地执法机构（包括法院）都要遵循，不得违背。
1、法院所说的“司法部有关司法鉴定资格的规定对法院没有约束力。”是错误的，违法的，依此作出的判决也是无效的。

2、可向上一级人民法院提出申诉要求发回重判，以维护自身的权益。