A、染色体之间交换某一片段，如果是发生在非同源染色体之间，则属于染色体结构变异，A错误；
B、基因突变是由于基因中碱基对的增添、缺少或替换造成的，突变后的基因中的遗传信息发生了改变，B正确；
C、男孩的Y染色体来自父亲，X染色体来自母亲，染色体组成为XXY的色盲男孩的父亲正常，由于色盲是伴X隐性遗传，色盲基因只能来自母亲，因此是母亲减数分裂出现了异常，C错误；
D、高茎豌豆自交，子代出现矮茎豌豆是减数分裂形成配子时基因分离的结果，不是自由组合，自由组合发生在两对相对性状之间，D错误．
故选：B．
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