不需要办理手续,你从香港机场去日本就算出香港境了,签注就算用掉了一次。如果回来还需要走香港,则还需要一次签注。当然,你可以选择不用通行证过关,从香港机场回深圳可以坐华通巴士。买票的时候可以咨询一下具体细节。