马尾藻海最明显的特征是透明度大,是世界上公认的最清澈的海。一般来说,热带海域的海水透明度较高,达50米,而马尾藻海的透明度达66米,世界上再也没有一处海洋有如此之高的透明度。所谓海水透明度,是指用直径为30厘米的白色圆板,在阳光不能直接照射的地方垂直沉入水中,直至看不见的深度。