用水的话会使得凝胶电阻很大，电泳过程中电流小、发热量大，DNA泳动效率低。所以配制琼脂糖凝胶一定要用缓冲液配制。里面的离子可以作为电导体。
加TBE可以延长缓冲的时间，分离效果也比较好。全用水是无法维持合适的PH值。
