要缴纳企业所得税的，两费减免的是增值税。
根据《国务院关于纠正地方自行制定税收先征后返政策的通知》国发[2000]2号的文件精神，先征后返或先征后退、即征即退的资金除属于国家对企业的投资外，在性质上均属于财政补贴，应当计入企业的收入总额，根据《企业所得税法》关于不征税收入的规定来判断是否缴纳企业所得税。
小规模纳税人的增值税是按销售金额的3%计提，然后将这部份开支记入到“营业税金及附加”科目，最后转入到本年利润（的支出）中。从中可以看出，它已构成了企业的费用，现在这部份费用（税）减免了，就没有这部份开支，因此在记账时它应冲减费用，即它使企业的所得额增加了，也就是这部份收入要交所得税。
一般纳税人的增值税实行的是价税分离计税法，即增值税的计算是独立的，它并不计入企业的开支，因此对支付的税控设备等开支应实行先记入费用，抵扣后再冲减费用的记账方法，如通过营业外收入走账，就应冲减费用，也就是这部份收入要交所得税。
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