不合法。
可以向劳动保障部门投诉。
法律依据是：劳动法规定
用人单位在与劳动者订立劳动合同时，不得以任何形式向劳动者收取定金、保证金(物)或抵押金(物)。
但，在工作期间，由公司出资或考核获得相关证件，原件可以由所在单位保管。比如，体检报告，操作证，上岗证等。
用人单位扣押劳动者的毕业证是违法行为。
如果只是收取办理相关手续，则不违法。
法律依据：《劳动合同法》第九条 用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。
不合法,只能收取复印件
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