凝胶过滤色谱法：分辨率较高，但是上样量仅为柱体积的1%，而且对流速也有严格的限制。
离子交换色谱法：根据目的蛋白质表面所含有的氨基酸残基带有的净电荷分离蛋白质，但是分辨率没有凝胶过滤高。
亲和层析法：根据生物分子的特异性分离目的蛋白，特异性很高，但是配件容易丢失 适合含有特异性的标签的或者抗体。
疏水色谱：根据疏水性来分离蛋白质,缺点是有的蛋白质在高盐中溶解度降低，所以应用范围受到限制，适合蛋白质表面含有较多疏水性氨基酸残基的疏水性蛋白质。
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