胰蛋白酶的分解是有选择性的，就是说只能在特定的位置。
胰蛋白酶主要作用于精氨酸或赖氨酸羧基端的肽键，所以不能分解所有肽键，就只能得到多肽而不是氨基酸。
酶具有专一性，蛋白酶只能水解蛋白质形成短肽，如果要将蛋白质彻底水解为氨基酸，还需要肽酶。
酶的作用是特异性的。胰蛋白酶Trypsin (Parenzyme) 为蛋白酶的一种，在脊椎动物中，作为消化酶而起作用。在胰脏是作为酶的前体胰蛋白酶原而被合成的。作为胰液的成分而分泌，受肠激酶，或胰蛋白酶的限制分解成为活化胰蛋白酶，是肽链内切酶，它能把多肽链中赖氨酸和精氨酸残基中的羧基侧切断。它不仅起消化酶的作用，而且还能限制分解糜蛋白酶原、羧肽酶原、磷脂酶原等其它酶的前体，起活化作用。是特异性最强的蛋白酶，
蛋白酶只能把蛋白质分解成多肽，分解成氨基酸要对多肽使用肽酶
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